一般的には、理事は任期制であり輪番制である。管理組合の最高意思決定機関である総会での議決権は、株主総会と同じように所有比率に応じた議決権があり、「区分所有者の数」かつ「議決権の数」の双方が条件を満たすことで、いわゆる議会制民主主義の手続きによって可決することができる。総会には、年1度開催される「通常総会」と、臨時的に開催される「臨時総会」がある。理事会の活動は、適時理事会の会合を開催し、組合総会における決定に基づき組合運営を履行する。また、重要事項にあたる予算案や決算報告、事業報告、次年度事業計画、マンション内の法律ともいえる管理規約の改正案や法定点検の有資格者への委託契約、長期修繕計画案、各種許認可など、組合運営に必要な事項を協議・決議し、組合総会に提案する総会議案書の作成も理事会の場で行う。なお、事業報告および決算報告については、監事の会計監査報告を必要とする。理事長は、年1回以上総会を召開催し、総会議案書を提出、決議を執行し承認を得なければならない。マンションにおける管理者とは、区分所有法に定められるものである。管理者は、建物や敷地の保存をし、また会決議を実行する者である。また、職務範囲内で、区分所有者を代理したり、共用部分を所有したりすることができる。管理者は、総会決議があり、管理規約に制限が無ければ、だれでもなることができる。区分所有者である必要もなく、管理会社やマンション管理士がなることもある。標準管理規約では、管理組合の理事長を管理者としている。総会決議を経てない限り、管理会社、管理員（管理人）、防火管理者などとは関係がない。管理組合が法人格を取得することで、法的責任の所在を明らかすることができる。の二つの国家資格がある。前者は（財）マンション管理センターが、後者は（社）高層住宅管理業協会が試験実施機関である。マンション管理士は、区分所有者によって構成される管理組合に適切な助言などを行う専門家であり、マンション管理士でない者はマンション管理士を名乗れない名称独占資格である。管理業務主任者はマンション管理会社の必置資格であり、宅地建物取引業法に規定する宅地建物取引主任者に性格が類似している。これらは法律に規定のない民間資格である。なお、これらの資格は、区分所有者からなる管理組合の構成員、理事などに必要なものではない。日本における建設時の問題が起こる根本的原因は、真の意味での市民参加の意識が根付いておらず、何事も行政任せにして、問題が起こったときに行政を責めて自分たちは責任を取らない住民の意識である。都市計画は、本来であればその場で生活する住民の参加が不可欠である。市民参加の意識が根付いた欧米では住民が参加し、景観に関わる問題等に様々な議論が重ねられ、住民の利益を盛り込む一方で建物の外観等への規制も入り、その場に住む住民が規制に従うという義務（不利益）を果たしている。 一方日本は、そういった市民参加の意識が根付いていない。高層マンション建設運動を例に取れば、普段から行政に参加して条例等で建築を規制しようとはせず、住民同士で自分たちの街をどうしていくかといった話し合いの場も持たれない。そしていざマンション建設の話が持ち上がった瞬間に、「行政は何をしているんだ」と批判のみを行う。住民の意識については、消費者エゴも参照。特に住宅地において問題になることが多い。特に、現段階において住宅地であるのに、商業地域・工業地域といった市町村による規定が数十年前のまま残っており、実情に沿っていないにもかかわらず日影規制のないところで問題が大きくなることが多い。このようなケースでも、建築業者との話し合いや民事裁判によって、「受忍限度を越える」として、建築差し止めや設計変更、また損害賠償が行われることはある。日本の家屋はほとんど二階建て以下であるが、住宅地に高層マンションが建つことがある。また、マンションなどの合住宅の場合、容積率の計算で共用部分を除くことができるため、商業ビルなどよりも高く立てられる場合がある。このような場合、スカイラインの不一致が生じうる。また、総合設計制度や、壁面後退をすることで斜線規制の緩和を受けることができる。この場合、建築線が乱れることになる。窓からの景観がよいからというセールスによって購入したマンションであったにもかかわらず、数年経たないうちに、その眺望を遮る形で別の高層マンションが建てられたため、紛争になったケースもある。 2006年2月、最高裁では、国立市のケースにおいて、住民の景観利益を認めている。（ただし、すでにできあがったマンションの撤去を求めた住民の請求に関しては却下）このように、マンションは周辺との景観の調和を乱す要素が多く、問題が生じることがある。工事の騒音など。工事中は当然騒音や振動、粉塵などが発生する。このためディベロッパーや施工者と近隣が、深夜や休日に工事を行わない、などの工事協定を結ぶことも多い。建設予定地が森林や史跡の場合、環境保護や文化財保護の問題、建設予定地が古い工場や農地などの場合は、土壌の環境汚染などの問題が起こることもある。特に古い工場を解体する場合、PCBやアスベストが飛散する恐れもある。地下水などが多い場所で、工事中または工事後の地盤沈下などによって近隣の家に被害が出たり、風害が発生することもある。 2005年11月、建築確認申請に添付する「構造計算書」の数値偽造が発覚し、結果的に建築基準法の耐震基準を満たさないマンションが多数建設・販売されることとなった。販売済みのマンションでは購入者に対する補償問題、完成前のマンションでは取り壊し、また建設業者や不動産業者倒産などの影響が出ている。